科學哲學的核心課題之一，就是「理論假說」(theoretical hypothesis)的發現(discovery)的評價(evaluation)。邏輯經驗論重提「發現脈絡」和「證成脈絡」的區分，將科學活動切割成「發現」和「證成」兩部分。「發現」指發現理論假說，而邏輯經驗論認為發現是多元多樣、變動不定的，靈感、社會背景、意識形態、甚至夢境都有可能成為科學家發現理論的原因。因此，屬於科學心理學家或社會學家的研究範圍，而不屬於哲學分析。
否證論者波柏區分「知識的心理學」和「知識的邏輯」也是類似的區分。兩派都主張哲學只該討論「證成的邏輯」。又因為兩派都主張經驗是決定假說能否證成的關鍵，所以它們基本上都是經驗導向的方法論(empiricist methodology)。
而理性導向的方法論(rationalist methodology)，主張科學無法單單依賴感官經驗來決定假說能否成立，還必須要透過一些獨立于經驗的、理性的方法學標準(methodological standards)來判斷假說的好壞。這些理性標準如「說明力」(explanatory power)、「新奇性」(novelty)、「一致」(consistency)、「簡潔」(simplicity)、「準確」(exactness)、「廣泛」(scope)等等，這些標準有時被理解成「認知價值」(cognitive values)。
不管使用經驗證據或者理性標準來判斷一個假說是否「值得」被接受，都可以被稱作「評價」。
「方法論」的核心問題是：科學家「應該」使用什麼樣的方法判斷一個假說？是單靠經驗證據或者理性標準？這是一種「規範性地問題」。在作實際的判斷時，依據什麼在互相競爭的理論中做選擇？這又稱作「理論選擇」(theory choice)問題。如果理論假說的選擇，決定了科學的演變和發展，這也意味了「理論假說的評價」決定了科學的演變和發展。
除了「經驗證據」、「理性標準」外，有人主張評價根據主要是主觀利益或社會因素（社會約定的，如宗教）。在這種觀點下，要研究科學的演變發展，就不能不涉及社會條件。當科哲把焦點放在科學的演變和發展時，「假說的發現」就變成一個哲學不能回避的課題。
1980年代後興起的科哲自然主義(naturalism)主張，哲學和經驗科學沒有截然分隔的界線，它們是一個連續體，哲學應該針對經驗研究的成果來加以反省，哲學反省的結論，也應該受到經驗證據的檢驗。因此自然主義的科學哲學本身是一種「諸科學的科學」(a science of sciences)。如此一來，不管「發現」有沒有方法，歷史上的科學家如何提出或「發現」一個理論假說？不同的「科學發現」有沒有共通性？什麼樣才算是一個「科學發現」？「科學發現」有沒有什麼基本結構？「發現」如何導致科學演變？這些都是值得哲學反省的議題。
另一方面，1980年代後的科哲家認為，「假說的發現」也是科學家的認知活動，而科學認知並不只是邏輯演繹，概念(concept)、分類(classification or categorization)、類比(analogy)、模型(model)、推理(reasoning)，甚至視覺影像(visual image)，都扮演了很重要的角色。因此，科哲家大量地研究這些與「科學發現」密切相關的認知活動，我們可以將這類研究總稱作「科學的認知科學」(the cognitive philosophy of science)。
主張理論假說是被發現的，而且反映既存的實在，是一種「科學實在論」(scientific realism)；主張理論假說是被發明的，則是一種「建構論」：主張假說是科學家的認知下的產物的是「認知建構論」(cognitive constructivism)；主張假說也有社會因素進入的是「社會建構論」(social constructivism)。
陳瑞麟(2010)，科學哲學：理論與歷史，群學，P26~31
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